MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_FPR3757 plasmid pUSA01

Total Repeats: 80

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007790	ATA	2	6	8	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159840
2	NC_007790	CTA	2	6	14	19	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	87159840
3	NC_007790	ATA	2	6	41	46	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159840
4	NC_007790	AAC	2	6	77	82	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	87159840
5	NC_007790	GA	3	6	90	95	50 %	0 %	50 %	0 %	87159840
6	NC_007790	TGA	2	6	201	206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159840
7	NC_007790	GTTG	2	8	344	351	0 %	50 %	50 %	0 %	87159840
8	NC_007790	CAA	2	6	365	370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	87159840
9	NC_007790	A	6	6	369	374	100 %	0 %	0 %	0 %	87159840
10	NC_007790	CTAA	2	8	415	422	50 %	25 %	0 %	25 %	87159840
11	NC_007790	TTG	2	6	467	472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	87159840
12	NC_007790	TAA	2	6	501	506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159840
13	NC_007790	CATG	2	8	531	538	25 %	25 %	25 %	25 %	87159840
14	NC_007790	A	7	7	570	576	100 %	0 %	0 %	0 %	87159840
15	NC_007790	TA	3	6	583	588	50 %	50 %	0 %	0 %	87159840
16	NC_007790	AAG	2	6	593	598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	87159840
17	NC_007790	ATC	2	6	735	740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	87159840
18	NC_007790	T	6	6	744	749	0 %	100 %	0 %	0 %	87159840
19	NC_007790	TGA	4	12	753	764	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159840
20	NC_007790	A	7	7	764	770	100 %	0 %	0 %	0 %	87159840
21	NC_007790	TGG	2	6	828	833	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	87159840
22	NC_007790	TGA	2	6	903	908	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159840
23	NC_007790	ACA	2	6	916	921	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	87159840
24	NC_007790	GAA	3	9	925	933	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	87159840
25	NC_007790	ATT	3	9	977	985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159840
26	NC_007790	T	6	6	1011	1016	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007790	T	6	6	1022	1027	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007790	A	6	6	1030	1035	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007790	TGTA	2	8	1063	1070	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007790	AT	3	6	1096	1101	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007790	A	6	6	1270	1275	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007790	A	6	6	1360	1365	100 %	0 %	0 %	0 %	87159839
33	NC_007790	TTTG	2	8	1390	1397	0 %	75 %	25 %	0 %	87159839
34	NC_007790	AT	3	6	1408	1413	50 %	50 %	0 %	0 %	87159839
35	NC_007790	TA	3	6	1447	1452	50 %	50 %	0 %	0 %	87159839
36	NC_007790	T	6	6	1555	1560	0 %	100 %	0 %	0 %	87159842
37	NC_007790	A	6	6	1561	1566	100 %	0 %	0 %	0 %	87159842
38	NC_007790	TA	4	8	1679	1686	50 %	50 %	0 %	0 %	87159842
39	NC_007790	TATT	2	8	1722	1729	25 %	75 %	0 %	0 %	87159842
40	NC_007790	GTT	2	6	1732	1737	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	87159842
41	NC_007790	AAT	2	6	1759	1764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159842
42	NC_007790	TCT	2	6	1796	1801	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_007790	T	7	7	1815	1821	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007790	GTT	2	6	1834	1839	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007790	GAT	2	6	1864	1869	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007790	GAA	2	6	1885	1890	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007790	ATA	2	6	1910	1915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007790	A	6	6	1915	1920	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007790	GAC	2	6	1923	1928	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_007790	GAA	2	6	1961	1966	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007790	AATA	2	8	2081	2088	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007790	TAG	2	6	2140	2145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	87159841
53	NC_007790	T	7	7	2189	2195	0 %	100 %	0 %	0 %	87159841
54	NC_007790	CTG	2	6	2236	2241	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	87159841
55	NC_007790	CCA	2	6	2322	2327	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	87159841
56	NC_007790	T	6	6	2376	2381	0 %	100 %	0 %	0 %	87159841
57	NC_007790	CATATC	2	12	2404	2415	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	87159841
58	NC_007790	ATA	2	6	2469	2474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	87159841
59	NC_007790	AT	3	6	2483	2488	50 %	50 %	0 %	0 %	87159841
60	NC_007790	TTTTG	2	10	2554	2563	0 %	80 %	20 %	0 %	87159841
61	NC_007790	CTT	2	6	2572	2577	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	87159841
62	NC_007790	TAC	2	6	2627	2632	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	87159841
63	NC_007790	TCTT	2	8	2638	2645	0 %	75 %	0 %	25 %	87159841
64	NC_007790	CATT	2	8	2668	2675	25 %	50 %	0 %	25 %	87159841
65	NC_007790	TTGTT	2	10	2688	2697	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007790	AATAT	2	10	2712	2721	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007790	T	7	7	2758	2764	0 %	100 %	0 %	0 %	87159838
68	NC_007790	ATT	2	6	2773	2778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159838
69	NC_007790	TTA	2	6	2779	2784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	87159838
70	NC_007790	TATT	2	8	2856	2863	25 %	75 %	0 %	0 %	87159838
71	NC_007790	ATTT	2	8	2881	2888	25 %	75 %	0 %	0 %	87159838
72	NC_007790	AGA	2	6	2909	2914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	87159838
73	NC_007790	GTT	2	6	2923	2928	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007790	T	6	6	2927	2932	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007790	TCT	2	6	2953	2958	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_007790	TA	3	6	2970	2975	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007790	TA	5	10	2991	3000	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007790	A	6	6	3065	3070	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007790	TAT	2	6	3080	3085	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007790	ATA	2	6	3104	3109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.